diff --git a/docs/source/experiments.rst b/docs/source/experiments.rst index de137c0..7d8d477 100644 --- a/docs/source/experiments.rst +++ b/docs/source/experiments.rst @@ -7,15 +7,14 @@ A two-layer nested cross-validation (CV) is applied to select and evaluate model The machine used to execute the experiments is a cluster with 28 CPU cores of Intel(R) Xeon(R) E5-2680 v4 @ 2.40GHz, 252GB memory, and 64-bit operating system CentOS Linux release 7.3.1611. All results were run with Python 3.5.2. -The figure below exhibits accuracies achieved by graph kernels implemented in `graphkit-learn` library. Each row corresponds to a dataset and each column to a graph kernel. Accuracies are in percentage for classification and in terms of errors of boiling points for regression (Alkane and -Acyclic datasets). Red color indicates a worse result and green a better one. Gray cells with the “inf” marker indicate that the computation of the graph kernel on the dataset is neglected due to much higher consumption of computational resources than other kernels. +The figure below exhibits accuracies achieved by graph kernels implemented in `graphkit-learn` library, in terms of regression error (the upper table) and classification rate (the lower table). Red color indicates the worse results and dark green the best ones. Gray cells with the “inf” marker indicate that the computation of the graph kernel on the dataset is omitted due to much higher consumption of computational resources than other kernels. .. image:: figures/all_test_accuracy.svg :width: 600 :alt: accuracies The figure below displays computational time consumed to compute Gram matrices of each graph -kernels (in :math:`log10` of seconds) on each dataset. Colors have the same meaning as in the figure above. +kernels (in :math:`log10` of seconds) on each dataset. Color legends have the same meaning as in the figure above. .. image:: figures/all_ave_gm_times.svg :width: 600 diff --git a/docs/source/figures/all_ave_gm_times.svg b/docs/source/figures/all_ave_gm_times.svg index d102164..7b20aa0 100644 --- a/docs/source/figures/all_ave_gm_times.svg +++ b/docs/source/figures/all_ave_gm_times.svg @@ -1367,7 +1367,7 @@ Q 28.265625 36.71875 33.203125 36.71875 z " id="DejaVuSans-Bold-57"/> - + @@ -1903,7 +1903,7 @@ z - + @@ -2024,10 +2024,10 @@ L 9.1875 0 z " id="DejaVuSans-Bold-72"/> - + - - + + @@ -2126,7 +2126,7 @@ z - + @@ -2231,7 +2231,7 @@ z - + @@ -2334,7 +2334,7 @@ z - + @@ -2546,7 +2546,7 @@ z - + @@ -2663,7 +2663,7 @@ L 9.1875 0 z " id="DejaVuSans-Bold-69"/> - + @@ -2896,7 +2896,7 @@ L 9.1875 0 z " id="DejaVuSans-Bold-68"/> - + @@ -2997,7 +2997,7 @@ z - + @@ -3097,7 +3097,7 @@ z " style="fill:#ffffff;stroke:#ffffff;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.1;"/> - + - + - @@ -3231,7 +3230,7 @@ z - + @@ -3432,7 +3431,7 @@ z - + @@ -3669,7 +3668,7 @@ z - + @@ -3759,29 +3758,29 @@ z - - - - - + diff --git a/docs/source/figures/all_test_accuracy.svg b/docs/source/figures/all_test_accuracy.svg index 96b052c..a1f13af 100644 --- a/docs/source/figures/all_test_accuracy.svg +++ b/docs/source/figures/all_test_accuracy.svg @@ -2,7 +2,7 @@ - + - - - + @@ -220,8 +220,8 @@ z - - + @@ -379,8 +379,8 @@ z - - + @@ -571,8 +571,8 @@ z - - + @@ -625,8 +625,8 @@ z - - + @@ -728,8 +728,8 @@ z - - + @@ -763,8 +763,8 @@ z - - + @@ -822,8 +822,8 @@ z - - + @@ -878,8 +878,8 @@ z - - + @@ -936,8 +936,8 @@ z - - + @@ -971,8 +971,8 @@ z - - + @@ -1056,10 +1056,10 @@ z - @@ -1081,7 +1081,7 @@ L 38.71875 55.8125 z " id="DejaVuSans-Bold-65"/> - + @@ -1091,10 +1091,10 @@ z - @@ -1166,7 +1166,7 @@ Q 54.25 36.140625 44.390625 27.484375 z " id="DejaVuSans-Bold-50"/> - + @@ -1175,10 +1175,10 @@ z - @@ -1244,7 +1244,7 @@ L 6.6875 59.078125 z " id="DejaVuSans-Bold-55"/> - + @@ -1253,10 +1253,10 @@ z - @@ -1333,7 +1333,7 @@ Q 28.265625 36.71875 33.203125 36.71875 z " id="DejaVuSans-Bold-57"/> - + @@ -1341,16 +1341,16 @@ z - - + @@ -1359,16 +1359,16 @@ z - - + @@ -1377,16 +1377,16 @@ z - - + @@ -1395,16 +1395,16 @@ z - - + @@ -1412,10 +1412,10 @@ z - @@ -1453,7 +1453,7 @@ Q 54.78125 72.5625 59.421875 71 z " id="DejaVuSans-Bold-54"/> - + @@ -1461,10 +1461,10 @@ z - @@ -1493,23 +1493,23 @@ Q 64.796875 54.546875 64.796875 36.375 z " id="DejaVuSans-Bold-48"/> - + - - + @@ -1517,16 +1517,16 @@ z - - + @@ -1535,16 +1535,16 @@ z - - + @@ -1555,16 +1555,16 @@ z - - + @@ -1573,16 +1573,16 @@ z - - + @@ -1591,16 +1591,16 @@ z - - + @@ -1608,16 +1608,16 @@ z - - + @@ -1626,16 +1626,16 @@ z - - + @@ -1643,16 +1643,16 @@ z - - + @@ -1661,16 +1661,16 @@ z - - + @@ -1678,16 +1678,16 @@ z - - + @@ -1695,16 +1695,16 @@ z - - + @@ -1712,16 +1712,16 @@ z - - + @@ -1729,27 +1729,51 @@ z - - + + + + + + + + + + + + + + + + + - @@ -1793,23 +1817,23 @@ Q 24.953125 74.21875 42.484375 74.21875 z " id="DejaVuSans-Bold-79"/> - + - - + @@ -1817,16 +1841,16 @@ z - - + @@ -1835,16 +1859,16 @@ z - - + @@ -1853,16 +1877,16 @@ z - - + @@ -1871,16 +1895,16 @@ z - - + @@ -1889,16 +1913,16 @@ z - - + @@ -1907,16 +1931,16 @@ z - - + @@ -1925,16 +1949,16 @@ z - - + @@ -1943,16 +1967,16 @@ z - - + @@ -1961,16 +1985,16 @@ z - - + @@ -1979,16 +2003,16 @@ z - - + @@ -1997,10 +2021,10 @@ z - @@ -2022,23 +2046,23 @@ L 9.1875 0 z " id="DejaVuSans-Bold-72"/> - + - - + + - - + @@ -2046,16 +2070,16 @@ z - - + @@ -2064,16 +2088,16 @@ z - - + @@ -2081,16 +2105,16 @@ z - - + @@ -2099,16 +2123,16 @@ z - - + @@ -2117,16 +2141,16 @@ z - - + @@ -2135,16 +2159,16 @@ z - - + @@ -2152,16 +2176,16 @@ z - - + @@ -2169,16 +2193,16 @@ z - - + @@ -2187,16 +2211,16 @@ z - - + @@ -2204,16 +2228,16 @@ z - - + @@ -2222,16 +2246,16 @@ z - - + @@ -2240,16 +2264,16 @@ z - - + @@ -2258,16 +2282,16 @@ z - - + @@ -2276,16 +2300,16 @@ z - - + @@ -2294,16 +2318,16 @@ z - - + @@ -2312,16 +2336,16 @@ z - - + @@ -2330,16 +2354,16 @@ z - - + @@ -2348,16 +2372,16 @@ z - - + @@ -2366,16 +2390,16 @@ z - - + @@ -2384,16 +2408,16 @@ z - - + @@ -2402,16 +2426,16 @@ z - - + @@ -2420,16 +2444,16 @@ z - - + @@ -2438,16 +2462,16 @@ z - - + @@ -2461,16 +2485,16 @@ z - - + @@ -2479,32 +2503,32 @@ z - - + - - + @@ -2513,16 +2537,16 @@ z - - + @@ -2531,16 +2555,16 @@ z - - + @@ -2548,16 +2572,16 @@ z - - + @@ -2566,16 +2590,16 @@ z - - + @@ -2584,16 +2608,16 @@ z - - + @@ -2602,16 +2626,16 @@ z - - + @@ -2620,32 +2644,32 @@ z - - + - - + @@ -2654,10 +2678,10 @@ z - @@ -2679,7 +2703,7 @@ L 9.1875 0 z " id="DejaVuSans-Bold-69"/> - + @@ -2690,16 +2714,16 @@ z - - + @@ -2708,16 +2732,16 @@ z - - + @@ -2726,16 +2750,16 @@ z - - + @@ -2744,16 +2768,16 @@ z - - + @@ -2762,16 +2786,16 @@ z - - + @@ -2780,16 +2804,16 @@ z - - + @@ -2798,16 +2822,16 @@ z - - + @@ -2816,32 +2840,32 @@ z - - + - - + @@ -2850,16 +2874,16 @@ z - - + @@ -2868,16 +2892,16 @@ z - - + @@ -2886,10 +2910,10 @@ z - @@ -2924,7 +2948,7 @@ L 9.1875 0 z " id="DejaVuSans-Bold-68"/> - + @@ -2932,16 +2956,16 @@ z - - + @@ -2950,32 +2974,32 @@ z - - + - - + @@ -2984,16 +3008,16 @@ z - - + @@ -3002,16 +3026,16 @@ z - - + @@ -3020,16 +3044,16 @@ z - - + @@ -3038,16 +3062,16 @@ z - - + @@ -3056,16 +3080,16 @@ z - - + @@ -3074,16 +3098,16 @@ z - - + @@ -3092,16 +3116,16 @@ z - - + @@ -3110,16 +3134,16 @@ z - - + @@ -3128,15 +3152,15 @@ z - - + - + - - - + - - + - - + @@ -3230,16 +3253,16 @@ z - - + @@ -3248,64 +3271,64 @@ z - - + - - + - - + - - + @@ -3314,16 +3337,16 @@ z - - + @@ -3332,16 +3355,16 @@ z - - + @@ -3350,16 +3373,16 @@ z - - + @@ -3368,16 +3391,16 @@ z - - + @@ -3387,48 +3410,48 @@ z - - + - - + - - + @@ -3437,16 +3460,16 @@ z - - + @@ -3454,16 +3477,16 @@ z - - + @@ -3472,48 +3495,48 @@ z - - + - - + - - + @@ -3522,16 +3545,16 @@ z - - + @@ -3540,16 +3563,16 @@ z - - + @@ -3558,16 +3581,16 @@ z - - + @@ -3576,10 +3599,10 @@ z - @@ -3626,151 +3649,151 @@ Q 45.953125 13.1875 48.390625 15.1875 z " id="DejaVuSans-Bold-38"/> - + - - + - - + - - + - - + - - + - - + - - + - - + - - + @@ -3778,32 +3801,32 @@ z - - + - - + @@ -3811,31 +3834,34 @@ z - - + - - + - - + - - + - - + + + + +